Wuhan a une longue histoire, au début et au milieu de la période néolithique il y a 8 000 à 6 000 ans, les ancêtres ont prospéré dans ce réseau d'eau et ont utilisé des outils en pierre pour développer d'anciennes civilisations. Panlongcheng, située sur les rives du lac Panlong dans le district de Huangpi, a été construite sous la dynastie des Shang, il y a environ 3.500 ans. À la fin de la dynastie des Donghan, la région au nord du fleuve Yangtsé a été successivement appelée comté de Quyang, comté de Zhuanyang, comté de Hanjin et comté de Hanyang (an 606), et la région au sud du fleuve Yangtsé a été successivement appelée comté de Ru’nan et comté de Jiangxia (an 589). Depuis la dynastie des Han, en passant par les dynasties des Bei et des Nan jusqu'aux dynasties des Yuan et des Ming, Wuhan est devenue une plaque tournante des transports maritimes et terrestres, où convergent marchands et négociants. Au milieu de la dynastie des Ming, pendant la période Chenghua, le canal principal de la rivière Hanshui, qui entrait dans le fleuve Yangtsé par le sud du Guishan à Hanyang, a été modifié pour entrer dans le fleuve Yangtsé par le nord de la montagne, formant ainsi le nouveau district de Hankou et posant la base géographique des Trois Communes de Wuhan. À la fin de la dynastie des Ming et au début de la dynastie des Qing, Hankou était un grand district commercial au centre de la Chine et était connue comme l'une des « quatre grandes villes commerciales du monde », avec Pékin, Suzhou et Fozhou, et comme l'une des « quatre districts les plus célèbres du monde », avec le district de Zhuxian, le district de Jingde et le district de Foshan, devenant ainsi le « premier lieu prospère de Chu ». En 1665, le gouvernement des Qing a mis en place la « Douane permanente » sous le temple de Baishan à l'extérieur de Hanyangmen, afin de collecter des taxes sur le passage des marchandises nationales. En 1857, Guanwen, le gouverneur des province du Huguang, a également établi 10 bureaux de taxe, dont Zongguan (Shang Cha’an à Hankou aujourd'hui) et Hanguan (Xia Cha’an à Hankou aujourd'hui). Après la signature du Traité de Tianjin en 1858, Hankou a été établi comme un port pour le commerce extérieur, et en mars 1861, il a été officiellement ouvert au monde. Après l'ouverture du port de Hankou au monde extérieur, Guanwen, le gouverneur des province du Huguang, a demandé au gouvernement des Qing de créer la douane de Jianghan le 1er janvier 1862 et a officiellement perçu des droits de douane l'année suivante. En 1899, la région située au nord de la rivière Hanshui a été divisée en district de Xiakou, dont l’office est à Hankou aujourd'hui. À présent, le quartier de Hankou, le quartier de Hanyang et le quartier de Wuchang sont collectivement connues comme les « Trois Communes ».

En 1889, après que Zhang Zhidong soit devenu gouverneur des province du Huguang, il a mis en œuvre la « nouvelle politique » sur les affaires étrangères à Wuhan, en créant des usines et des écoles, en formant une nouvelle armée, ce qui a conduit au développement des industries nationales et a jeté les bases du développement de l'industrie moderne à Wuhan, faisant de cette ville l'un des berceaux de l'industrie moderne en Chine. Le 10 octobre 1911, la Révolution Xinhai menée par les bourgeois, a éclaté à Wuhan, établissant le gouvernement militaire du Hubei et mettant fin au régime impérial de la Chine. En décembre 1926, le gouvernement national a transféré sa capitale à Wuhan. En janvier 1927, Hankou et Wuchang ont été fusionnés pour former la ville de Wuhan, qui a été désignée comme la région de Jingzhao.

Le 16 mai 1949, Wuhan a été libéré et la ville a été officiellement établie par la fusion des Trois Communes, et désignée comme Municipalité relevant directement du gouvernement central. En juin 1954, la ville est devenue le chef-lieu de la province du Hubei, et en mai 1984, elle a été approuvée par le Comité central du Parti communiste chinois et le Conseil des affaires d'État en tant que Ville pilote pour la réforme complète du système économique et Municipalité ayant le statut de planification indépendante dans le cadre du développement social et économique national. En décembre 1986, elle a été nommée Ville historique et culturelle nationale par le Conseil des affaires d'État, et en juillet 1992, elle a été approuvée par le Conseil des affaires d'État en tant que Ville ouverte sur le monde extérieur. En décembre 2007, avec l'accord du Conseil des affaires d'État, la Commission nationale du développement et de la réforme a publié un document approuvant la création du Cercle urbain de Wuhan (situé dans la partie orientale du Hubei, avec Wuhan comme chef de file, composé de 9 villes environnantes telles que Huangshi, Ezhou, Huanggang, Xiaogan, Xianning, Xiantao, Qianjiang et Tianmen, avec une superficie de 57.800 kilomètres carrés, une population de plus de 32 millions d'habitants et un produit intérieur brut (PIB) représentant 63,25 % du PIB total du Hubei, en se concentrant sur la meilleure partie du Hubei en termes d'industrie et d'agriculture, de construction et de transport, de culture et d'éducation) en tant que zone expérimentale nationale pour les réformes globales de soutien à la construction d'une société économe en ressources et respectueuse de l'environnement. En janvier 2010, le Conseil des affaires d'État a approuvé la Réponse sur le soutien à la construction d'une Zone nationale indépendante de démonstration de l'innovation dans la zone de développement de nouvelles techniques du Lac de l’Est, faisant de la zone de haute technologie du Lac de l’Est la deuxième « Zone nationale indépendante de démonstration de l'innovation » en Chine après celle de Zhongguancun, et la première Zone nationale indépendante de démonstration de l'innovation dans la région centrale. En novembre 2010, le Conseil des affaires d’État a approuvé que la Zone de développement économique Wujiashan de Wuhan mise à niveau en Zone nationale de développement économique et technique, en mars 2013, après l’approbation du Conseil des affaires d’État, le Ministère du Commerce a accepté de changer le nom de la Zone de développement économique Wujiashan de Wuhan en Zone de développement économique et technologique de l’aéroport de Wuhan. À ce stade, Wuhan a officiellement formé trois zones nationales de développement économique et technique, les trois Districts peuvent se développer de manière tripartite. En 2015, Wuhan a été positionnée comme une « ville pilote nationale de type innovante » et une « zone pilote de réforme globale de l'innovation », et a reçu le titre de « ville civilisée nationale ». La même année, le Cercle urbain de Wuhan a été approuvé comme première zone pilote pour la réforme et l'innovation de la technologie et de la finance. En 2016, la Commission nationale du développement et de la réforme a publié le Treizième plan quinquennal pour l'essor de la région centrale avec l'approbation du Conseil des affaires d'État, soutenant explicitement Wuhan pour construire une ville centrale nationale. La même année, le Programme pilote visant à promouvoir systématiquement l'innovation et la réforme globales à Wuhan a été officiellement approuvé par le Conseil des affaires d'État. En juin, le Plan national de développement de la zone économique du fleuve Yangtsé a été officiellement publié, il met l’accent sur trois grands groupes de villes et inclut Wuhan en tant que mégapole pour construire un lieu clé intérieur de l’économie ouverte. En 2017, Wuhan a conservé le titre de « ville civilisée nationale » et de « ville sanitaire nationale », a remporté une nouvelle fois la « coupe Chang'an », a accepté d’être le premier lot de villes de démonstration nationales en matière de sécurité alimentaire et de villes de démonstration chinoises en matière de tourisme et de loisirs, a été sélectionnée avec succès comme capitale mondiale du design et a reçu une nouvelle fois le prix « Futur des villes » décerné par C40 Cities (une organisation internationale dédiée à la lutte contre le changement climatique et aux faibles émissions de carbone dans les villes). En 2018, Wuhan a été établie avec succès comme ville modèle nationale en tant que ville de qualité, et a été approuvée pour construire une zone pilote nationale pour le commerce électronique transfrontalier, une ville pilote nationale pour l'approfondissement du développement innovant du commerce des services, et une ville modèle nationale pour la construction d'une « ville de transport public ».